Thayil werd geboren in Seattle in 1960 en groeide op in de buitenwijk Park Forest in Chicago. Zijn ouders kwamen uit de staat Kerala in India naar Seattle. Zijn vader Boniface Thayil behaalde een diploma in chemische technologie, kreeg een baan in Chicago en verhuisde daar met zijn gezin. Thayil begon op 12-jarige leeftijd met het schrijven van teksten.